ДНК-секвенирование Максама-Гилберта, метод Сангера, примеры

Секвенирование всего генома опухолевых клеток может помочь спрогнозировать рак у пациента и предложить ключи для определения наиболее эффективного лечения, предполагает международное исследование , опубликованное в научном журнале Nature Medicine .

Вам будет интересно

27146 0 Антитела против коронавируса должны оставаться в крови на годы 23388 0 Члены семей пациентов с COVID-19 имеют Т-клеточный иммунитет 18731 0 Антитела против SARS-CoV-2 обнаружили почти у всех пациентов с положительным ПЦР-тестом 17304 0 Интерфероны увеличивают выработку белка ACE2 — рецептора для коронавируса 16447 0 Ранний IgA-ответ — потенциальный маркер тяжести COVID-19 16092 0 Серологический тест на SARS-CoV-2: поиск и анализ антител к новому коронавирусу 12174 0 У здоровых людей найдены T-лимфоциты, реагирующие на SARS-CoV-2 8282 0 Коронавирус SARS-CoV-2 проникает в центральную нервную систему через обонятельный эпителий 7594 0 Тяжелая пневмония при COVID-19 может быть связана с вдыханием секрета ротоглотки 6992 0 Уханьский коронавирус: геномов все больше, промежуточный хозяин пока не установлен

Актуальность исследования

Человеческий геном состоит из ряда молекул, известных как нуклеотиды. Они представлены буквами А, Г, Ц и Т. Иногда происходят изменения в «написании» нашей ДНК — например, А становится Г. Эти изменения, известные как мутации, могут быть вызваны рядом факторов, некоторые из которых являются спонтанными, другие вызваны негативными факторами окружающей среды, такими как воздействие табачного дыма или ультрафиолетового света, и все они оставляют характерные признаки в геноме.

Когда клетки делятся и размножаются, они делают копии своей ДНК, поэтому любые орфографические ошибки будут воспроизведены. Со временем количество ошибок накапливается, что приводит к неконтролируемому росту клеток — развитию опухолей.

Секвенирование всего генома (WGS) — это метод, который включает в себя чтение всей генетической схемы раковой клетки и сравнение ее со здоровыми клетками пациента, чтобы увидеть, как мутировала ДНК. Изучая все мутации, присутствующие в целом геноме рака и найдя все сигнатуры в них, можно выявить различные факторы, которые воздействовали на опухоль.

Структура ДНК

Чтобы понять методы и приемы, используемые для секвенирования ДНК, необходимо знать некоторые ключевые аспекты структуры и состава молекулы..

Читайте также:  Атеросклероз сосудов головного мозга (церебральный) (видео)

ДНК — это биомолекула, встречающаяся во всех живых организмах, от бактерий до крупных водных животных. Органеллы — как митохондрии и хлоропласты — имеют внутри кольцевую молекулу ДНК. Даже в некоторых вирусах обнаружен генетический материал ДНК.

Структурно ДНК представляет собой набор нуклеотидов. Каждый из них объединен углеводом, азотистым основанием (А, Т, С или G) и фосфатной группой. Целью секвенирования ДНК является выявление порядка, в котором четыре азотистых основания находятся в последовательности.

Решение — секвенирование РНК

Рибонуклеиновая кислота (РНК) — это копия ДНК. Она в точности воспроизводит генетическую информацию и служит матрицей для синтеза белка. Таким образом, нет разницы, что изучать: структуру ДНК определенного гена или соответствующую ей РНК.

Именно так — с помощью секвенирования (анализа последовательности) РНК — компания OncoDNA предлагает выявлять слияние с участием генов NTRK в злокачественных опухолях. Такой метод имеет высокую чувствительность и сводит к минимуму вероятность ошибки.

Решение — секвенирование РНК

На данный момент OncoDNA выполняет три вида исследований:

  • OncoNTRK — исследование биоптата (образца опухолевой ткани) на предмет мутаций генов NTRK1, NTRK2 и NTRK3. В настоящее время этот анализ применяют, чтобы определить, будут ли эффективны ингибиторы TRK у больных немелкоклеточным раком легких, раком щитовидной железы, глиобластомой (у детей).
  • OncoDEEP NTRK — комплексный анализ. Помимо секвенирования, проводят иммуногистохимическое исследование, оценивают микросателлитную нестабильность и мутационную нагрузку опухоли, сплайсинг РНК, метилирование промоторных генов. Все эти сложные термины означают, что врач получает подробный «молекулярно-генетический портрет» опухоли и может подобрать препараты, которые будут наиболее эффективны у конкретного пациента.
  • OncoSELECT NTRK — минимально инвазивное исследование. Для анализа нужен образец крови пациента — этого достаточно, чтобы провести секвенирование РНК и выявить дефекты в генах NTRK.